北宋绍圣年间，魔教兴盛，正道衰微，苍穹派掌门庄易挺身而出，秘密召集六大派，奇袭魔教总坛，并以苍穹十三剑斩杀魔教教主。魔教自此陨落，部众四分五裂。庄易也因为元气大伤，闭关修养，不见外客。六大派掌门为了争夺武林盟主之位闹得不可开交，最终分崩离析，不欢而散。
　　魔教左护法沈漠然乃是一介武痴，极少在江湖上行走，这日独闯苍穹派，想要取回魔教圣器。庄易劝说沈漠然留在苍穹派修身养性未果，不得不与之大战，最终凭借苍穹十三剑，勉强胜他一招。沈漠然遁逃，掳走苍穹派伙房小弟子陈安，扬言与庄易改日再战。
　　沈漠然将陈安带到一处山洞，惊叹于苍穹十三剑的精妙绝伦，想要参详一二，于是对陈安施展移魂大法。偏不巧，苍穹派弟子寻至山洞，引发混乱，阴差阳错之下，沈漠然与陈安互换身体。陈安惊慌之下逃离，来到一处农舍清洗污渍，发现自己居然变成“沈漠然”。真正的沈漠然醒来，也发现自己变成没用的伙房弟子“陈安”。
　　“沈漠然”回到苍穹派，解释不清状况。苍穹派弟子与“陈安”也回到门派。“沈漠然”去抓“陈安”，想要将二人的身体换回来。苍穹派大师姐林灿保护“陈安”，刺伤“沈漠然”。危急时刻，一名神秘女子救下“沈漠然”，将其带走。
　　神秘女子名叫冷千秋，是魔教附近分堂的堂主。她建议“沈漠然”重新聚拢魔教，为教主报仇，灭掉七大派，夺回魔教圣器。“沈漠然”称自己不是什么左护法，冷千秋误会，劝其身在其位，便谋其政，要担负起拯救魔教的重任。“沈漠然”有苦难言，只得见机行事。
　　冷千秋建议“沈漠然”召集魔教散落于四方的五散人，他们分别是老叟、人厨、狱卒、花魁、索债鬼。在寻找五散人的过程中，“沈漠然”发现这些所谓的魔教妖人并非大奸大恶之徒，只不过性情乖张，行事怪异，于是萌生了以左护法身份改造魔教、造福江湖的想法。
　　与此同时，“陈安”潜伏于苍穹派，凭借惊人的武学天赋，快速掌握苍穹派武功。为了更好的打击魔教残余势力，庄易举办门派内的比武大会，前四名可以前往天堑峰参习记载苍穹十三剑功法的巨石。“陈安”以伙房弟子的身份参赛，在不被看好的情况下，一路过关斩将，最终闯入四强。他与林灿等人前往天堑峰参详苍穹十三剑，却发现巨石上只清晰地记载了九剑，还有四剑壁画不详，深奥难解。
　　“沈漠然”经历一番波折，将四大散人招致麾下，因为追踪索债鬼，赶往小门派清风观。清风观观主欠下巨额赌债，将门派抵押给索债鬼。众人以清风观为据点，召集魔教旧部，收拢江湖势力，并且对他们约法三章，不得无故骚扰普通百姓。
　　清风观观主来到苍穹派向庄易告状，称“沈漠然”聚拢魔教势力，公然占据清风观，想要东山再起，与整个江湖为敌。庄易大怒，派以林灿、“陈安”为首的四大弟子率领苍穹派精锐前往清风观剿灭魔教残余。“沈漠然”收到消息，不愿与苍穹派为敌，不顾众人反对，率部撤往曾经的魔教总坛。他们离开后不久，发现清风观还是发生大战，原来魔教右护法听说左护法的消息，来到清风观与他汇合，碰到苍穹派弟子。“沈漠然”不得已，再回清风观，避免双方事态恶化。
　　右护法虽然不敌林灿、“陈安”等人，但是他身后有四大神秘高手，武功高强，实力深不可测。眼看魔教大部队赶到，林灿率领众弟子逃离。“陈安”称魔教势大，向庄易建议研习魔教圣器，以彼之道还施彼身。原来江湖传说，魔教圣器记载了一门神奇的武学，盛名足可与苍穹十三剑匹敌。庄易犹豫，先命“陈安”与林灿前往六大派寻求支援。六大派因为武林盟主之争并不同心，均以各自的理由拒绝。“陈安”找理由与六大派高手切磋，暗中学习他们的武学。
　　魔教众人回到总坛，逐渐分化为以左护法和右护法为代表的两方势力。右护法提议趁苍穹派孤立无援时将它剿灭，那么其他门派必然群龙无首。“沈漠然”反对，不愿与苍穹派大动干戈。没想到一直支持“沈漠然”的冷千秋却站到右护法一边，即便如此，“沈漠然”还是坚持己见。长老打圆场，认为当务之急是确定教主人选，大家都听教主的。右护法却称教主并没有死。
　　右护法领出一个孩子，称教主神功盖世，起死回生，就是眼前的孩子。长老试探孩子，孩子说话的口气与曾经的教主丝毫不差。众人宁信其有，不信其无，认可了孩子的教主身份。教主支持右护法，命令众人做好准备攻打苍穹派，“沈漠然”被彻底孤立。另一边，回苍穹派的途中，林灿对“陈安”出手，称早就发觉他举止怪异，不似先前。“陈安”以巧妙的言辞逐一化解林灿的疑惑，二人的关系更进一步。
　　魔教总坛，神秘刺客刺杀“沈漠然”，被“沈漠然”有惊无险地化解。冷千秋与“沈漠然”朝夕相处，产生了微妙的情愫，她知道“沈漠然”不是真正的左护法，让他赶紧离开，魔教攻打苍穹派势在必行。“沈漠然”试图说服教主，却发现教主是被人操控的傀儡，幕后黑手居然是右护法手下亲信。右护法不得已，当着魔教众人的面“大义灭亲”。长老趁机宣布“沈漠然”为新一任教主。
　　“陈安”向庄易汇报六大派一盘散沙之事，再次向他提议研究魔教圣器。庄易思虑再三，最终应允。苍穹派内的魔教圣器却是假的，爆炸后出现玄兵对付庄易等人。“陈安”在对付玄兵时下意识地使出六大派武学，庄易发现六大派的精妙武学暗合苍穹十三剑后四剑的奥妙。他与“陈安”、林灿闭关，深入研习苍穹十三剑最后四剑。
　　魔教总坛，长老让“沈漠然”进入只有历任教主才能进入的神谷禁地。他在禁地中发现包括移魂大法在内的各种神奇功法，并且于机缘巧合之下寻到真正的魔教圣器，被其灌输强大的功力。右护法建议立刻出发消灭苍穹派，“沈漠然”迟疑，探讨是否可以与名门正派和平共处，遭到魔教高层强烈反对。冷千秋暗中找到“沈漠然”，称理解他的良苦用心，但是如果他想要彻底改造魔教，并且与正派人士和平共处，首先必须先除掉右护法等人，其次就是要展现实力震慑七大派。“沈漠然”觉得冷千秋说得有道理，纠结之下，下令奇袭苍穹派，只带右护法等魔教高层，尽量减少人员伤亡。
　　魔教众人乔装潜入苍穹派，发动奇袭，却遭遇七大派埋伏。原来冷千秋是庄易的养女，从小安插在魔教。上次奇袭魔教总坛，冷千秋立下大功，这次她又利用左护法召集魔教残余势力，将他们引到苍穹派一网打尽，七大派分崩离析也是有意制造的假象。一时间双方混战，“沈漠然”对上“陈安”，想要换回自己的身体。
　　七大派以为稳操胜券，魔教中却横生变故，右护法身后的四大神秘高手实力强劲，武学深不可测，一一解决六大掌门。他们甚至不分敌我，同时对付庄易、林灿与魔教五散人，并且最终控制所有人。右护法得意，以为能够控制整个江湖，却被四大高手干掉。原来他们不是中原人士，而是北宋邻国西夏的绝顶高手。西夏图谋北宋疆土，先行派遣四大高手对付中原武林，右护法不过是一枚小小的棋子。
　　“沈漠然”、“陈安”察觉异样，回来后发现魔教和七大派皆被控制。他们分开对敌，一人挑战两大高手，处处受制。不得已，他们联起手来，一人使出魔教神功，一人使出苍穹十三剑，居然产生前所未有的巨大威力。原来最初的江湖，魔教还是北冥圣教，与七大派本是一家，一方取阴，一方取阳，一阴一阳本是一体。双方为了集齐神功，彼此分裂，互相征伐，到后来反而不清楚为何而战。
　　“沈漠然”与“陈安”心意相通，联手解决西夏四大高手，拯救了中原武林。他二人以移魂大法互换身体，恢复为真正的沈漠然和陈安。沈漠然与陈安及七大派订立盟约，魔教改称圣教，与七大派永不为敌，共同守护一方。北宋绍圣五年，西夏小梁太后协同夏崇宗率领三十万大军猛攻北宋平夏城，中原圣教及七大派弟子协助守城，西夏军丢盔弃甲，大败而回。