封神之战后，姜子牙奉命处斩苏妲己，在石矶的帮助下，苏妲己逃走。姜子牙被剥夺打神鞭，下凡抓捕苏妲己，却发现封神之战另有隐情。经过重重磨难，苏妲己化身神石之心，激发完全版打神鞭，姜子牙踏上了重新封神之路。

　　封神之战后，姜子牙奉命在斩妖台处斩九尾妖狐苏妲己，石矶前来阻止了姜子牙，想要和苏妲己说几句话，没想到却是要苏妲己手中的神石之心，苏妲己威胁说自己死了谁也拿不到神石之心，在石矶的帮助下，苏妲己挣脱枷锁逃走。姜子牙受到天庭责罚，被剥夺了打神鞭和封神榜交给李靖保管，并责罚去抓捕苏妲己。
　　苏妲己来到九尾妖狐的领地，发现全族已被诛灭，愤恨不已，认为自己受到了女娲娘娘的欺骗，自己受她的命令蛊惑纣王，没想到反被灭族。石矶赶到，诱惑苏妲己交出神石之心，自己可以联手另立门户，苏妲己不应。两人打斗一番，苏妲己实力不济仓皇逃走。
　　路遇匆匆赶来的姜子牙，苏妲己感慨命不久矣，将石矶放走自己的实情说了出来，姜子牙感到苏妲己的背后有自己不知道的故事，带着妲己躲了起来。
　　姜子牙原本想封神之战后，百姓脱离了纣王的暴政，应该生活美满而富足，但一路上却看到百姓依然流离失所，众人不种田反而大肆拜神，姜子牙认为这是苏妲己魅惑的能力还在影响着世人，想要杀了她。苏妲己嘲笑他说，真以为封神之战是为了人族好吗？恰好姜子牙看到，一个小小的土地公就可以趋势人族为他做事。他意识到封神之战表面大胜下并没有那么简单。
　　李靖追来，看到姜子牙竟然和苏妲己在一起而没有杀她，就认为姜子牙已经叛变了天庭，勾结妖族。恰好石矶也追来，苏妲己以神石之心作为交换，让石矶同李靖交手，打伤了李靖。苏妲己拿出神石之心，石矶高兴之余，说出实情。
　　石矶拿到神石之心，就可以激发自己全部的实力，而女娲失去神石之心则会实力大减，石矶便有机会取而代之。九尾妖狐一族是被天庭帮助商纣王清理掉的，许多妖族都被清理掉了，所以女娲才派妲己来乱商朝恢复妖族领地。而商纣王也不甘心被天庭控制，天庭派姜子牙前来封神，意图找一个能继续为天庭服务的帝王，天地不仁以万物为刍狗，天庭从来就没管过人间疾苦。
　　石矶要灭掉二人，苏妲己爆发全部潜力打伤石矶逃走，原来她给石矶的神石之心是假的。姜子牙这才明白封神之战真正的含义，想要为民做主，不再让人族受天庭摆布，但要做到这些，需要掌控打神鞭和封神榜。俩人找到李靖，说出了陈塘关民不聊生的实情，李靖不为所动。石矶追来，面对受伤的李靖和没什么实力的姜子牙，誓要杀了苏妲己拿回神石之心。
　　苏妲己幻化成像，让李靖看到了陈塘关的景象，李靖念百姓之苦，将打神鞭交给了姜子牙，苏妲己化身成神石之心，镶嵌到打神鞭上，自此打神鞭才成为了真的神器。姜子牙手拿打神鞭打死了石矶，开启了重振人族，再次封神的道路。