大清御史秦国龙与名臣张廷玉、年羹尧是同榜进士，是康熙、雍正两代帝王倚重的至信大臣，其伯父秦矶是成宗义皇帝多尔衮之女东莪郡主的驸马。他一生清廉，执法如山，雍正赞其为“大清第一清官”。该片叙述的是他奉旨山西查案的故事。吏部尚书隆科多到访秦府，祝贺东城御史秦国龙督查黄河仓大案凯旋归来使龙心大悦。此时传来圣旨，雍正钦点秦国龙为钦差彻查山西巨富尚百万之子尚天赐奸杀婢女案。隆科多说婢女贱命怎和尚家少爷比？秦国龙知他弦外之音。
　　秦国龙路遇震破天等杀手劫杀。白衣女子出手相救，秦国龙认出她是告御状的杜萍儿。
　　古道旁，秦国龙忆起尚府管家尚之恩向他行贿遭严词拒绝，可他拒收的礼品却惊现御书房！雍正帝嘱他对此案“酌情而断”，秦国龙难料尚家水深几何。
　　神秘人命震破天重选杀手行刺。
　　平阳知府吴其仁率县令冯令巧迎接秦国龙，秦谢绝接风宴。
　　尚府婢女兰妹与县衙仵作何堂相会，为钦差来查姚碧云案高兴，可何堂怀疑她有事瞒着自己。
　　尚百万得知秦国龙曾立宏愿，高中后建一天桥造福乡亲，却因无钱宏愿未竟，给秦国龙送来三千万两黄金建天桥遭到拒绝。县衙仵作何堂来见秦国龙被尚百万发现，尚之恩让他放心。
　　何堂说姚碧云死在野外，凶手没留下任何证据。杜萍儿激动地闯进屋里。何堂大惊，以为她是姚碧云。秦国龙示意他此事保密。何堂离去，囤子跟踪。
　　何堂醉倒酒馆醒来，惊见秦国龙。秦说他心事很重，何堂否认离去。
　　何堂发现兰妹被监视，兰妹拒谈原因，何堂只好让她保护好自己。
　　秦国龙断定兰妹知道此案秘密，让杜萍儿设法接近她。
　　秦国龙提审朱氏，朱氏哭诉女儿是尚天赐杀害，可被冯令巧以诬告打入大牢。秦国龙看过尸检验查报告要传尚天赐。冯令巧若有所思。
　　囤子去传唤尚天赐，尚之恩说他不堪诬陷离家出走。囤子无奈离去。尚之恩恨秦欺人，尚百万说皇上令他酌情而断，他在做样子。尚之恩道隆大人说他在全国政道考核中名列第一，被称为大清第一清官且破案无数，小心为妙。
　　御前侍卫韦清提议去尚府搜查，秦国龙却让杜萍儿盯紧兰妹。
　　夜里，焦灼的兰妹梦到了姚碧云鬼魂，惊恐地说知道她死得冤枉，可怕说了实话丧命。在窗外监听的尚小毛骨悚然，撒腿跑走。隐于屋顶的杜萍儿跃到院中要救兰妹，可叫不开门，有人喊抓刺客，她只好离去。
　　秦国龙料知兰妹的梦话惹祸，忙派人传她，她已落井身亡。何堂悲痛欲绝，尚之恩安慰他，何堂却满腹仇恨回敬他。
　　在兰妹坟前遭刺杀的何堂被韦清救下。愤恨难平的何堂告诉秦国龙尸检时发现姚碧云口中一块带皮的生肉，可冯令巧以兰妹的生死胁迫他销毁了这一证据！秦令抓捕冯令巧，冯已逃跑。吴其仁奉令抓捕冯，他虚张声势地到尚府搜查，实则报信。
　　秦国龙得知肖大夫曾半夜给尚天赐包扎伤口。尚小说尚百万病重把肖请走，秦知内里有诈，断定尚天赐是被姚碧云咬伤。可再去肖家，已人去房空。
　　秦国龙派韦清和杜萍儿夜探尚府打草惊蛇，二人发现了尚天赐，尚出府躲藏被早埋伏好的秦国龙拦住。韦清为救萍儿被震破天以毒镖刺伤。秦国龙怒斥尚天赐收买杀手行刺，大清有律，戕害钦差，罪同谋逆，诛灭九族！将尚天赐打入死牢。
　　尚百万不知兰妹和肖被杀，也不知刺杀钦差之事。向尚之恩大发雷霆，尚之恩拒不承认。
　　心急如焚的杜萍儿冒险给韦清吸毒，二人互生爱慕之心。
　　震破天探明秦夫人回了老家！神秘人派他立即动身。
　　秦夫人在山上拾柴被震破天绑架。尚之恩用信鸽发出一张纸条：三天后告知秦国龙。
　　大堂上，尚天赐拒不认罪。秦国龙要查验他身上咬伤，尚之恩大喊他是凶手，并出示臂上咬伤，秦国龙深感意外。秦国龙指使朱氏咬定尚之恩不是凶手而是替死鬼，杜氏说闻听秦国龙有一绝招，通过死者眼睛即可看清这人死前情景。秦国龙说那要尸体完好不腐。杜氏说恩公是江北名医，用祖传秘方将女儿浸泡密封于坟墓中，三年内如同活人绝无变化。秦国龙将尚之恩打入死牢，尚天赐当堂释放，决定初八开棺验尸，尚天赐呆了。
　　尚之恩对救过他的尚百万近乎愚忠，秦国龙断定他是替罪，遂到狱中揭露其臂伤是自己所咬，万分震惊的尚之恩突亡。经检验他服了没有解药的剧毒‘七星毒散’！此药服用后三到四天发作，必死无疑。秦国龙推断是尚百万不同意他为儿顶罪，尚之恩服毒后无法挽回，尚百万忍痛同意他来顶罪，锁定尚天赐是真凶。
　　尚百万让吴其仁与众官联名弹劾秦国龙胡作非为，草菅人命。隆科多把折子呈给雍正皇上，雍正怒摔折子，降旨令秦国龙三天内破案，否则维持原判。隆科多高兴。
　　秦国龙刚见皇上密旨，又接飞镖传信说秦夫人被绑架，不放人即收尸。秦国龙心情沉重，杜萍儿要撤诉保住秦夫人，秦却说绝不会屈服于压力让冤魂蒙屈，并料定夫人暂时安全。
　　雨夜，秦国龙梦到雍正怒不可竭地下令赐死他，猛然醒来方知是梦。他想起冤死的碧云，可怜的朱氏，果断布网捉拿尚天赐。
　　尚天赐带人挖掘姚碧云墓，杜萍儿电闪雷鸣中穿姚碧云的血衣假装鬼魂，吓的失魂落魄的尚天赐露出实情。秦国龙将其关入大牢，朱氏无罪释放。
　　震破天得知尚之恩死了，急令杀手看住秦夫人，他去府衙要黄金。莲花夫妻趁机将两个杀手药晕，救出秦夫人。
　　秦国龙锁定罪犯尚天赐，尚百万向隆科多哭诉，隆科多说已查明秦国龙伯父秦矶是大清罪人多尔衮的女儿东莪郡主的驸马。只需把秦矶的罪名一说，不怕秦国龙不屈服，遂去见秦国龙，指责秦隐瞒身世，混入朝廷，其罪当诛！秦国龙万分震惊。隆科多说，你把尚天赐放了，秦矶的事情永远无人知晓。秦国龙说，如果我的伯父真是多尔衮的驸马，如果我真的有罪，我情愿领受处罚，可如今我还是钦差，我要为屈死的姚碧云伸冤报仇！隆科多拂袖而去。
　　暗中监督吴其仁的韦清向秦国龙禀报其动向，秦国龙立即带人包围吴府。吴其仁已经知自身难保，正给冯令巧和震破天毒酒，震破天一饮而尽，惊见秦国龙威严地站在门口，他欲反抗却鼻口出血倒地。
　　冯令巧撕打狠心下毒的吴其仁，秦国龙令人将吴、冯押入大牢。
　　尚百万威胁秦国龙伯父秦矶是多尔衮的驸马，秦国龙说先杀凶手再去请罪！命人把尚天赐拖出去砍了。
　　莲花夫妇送回秦夫人。秦夫妻相见。
　　秦国龙回京向皇上请罪，说臣拒收尚家的黄金匣子置于龙案，知道尚百万求到了皇上面前，雍正喝问苏培盛缘由，苏培盛跪禀是隆科多让他把金匣子放到御书房的，雍正斥隆科多迷惑自己是为阻止秦国龙查案，说多尔衮定国开基，成就统一之业，立下不朽功绩，我大清亏欠敬义皇帝的！朕要将他唯一的女儿东莪郡主接入宫中，为她养老送终！并说相信秦国龙会按律而断，说“酌情”是说给隆科多听的。因为隆科多和尚百万交好，会把此话传给他，免得他加害秦国龙。
　　雍正夸秦国龙不愧当朝第一清官。
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