《星际穿越》主要讲述了一队探险家利用他们针对虫洞的新发现，超越人类对于太空旅行的极限，从而开始在广袤的宇宙中进行星际航行的故事。

未来，外星母种吞噬星球，将其改造成生物武器。指挥官杰克联手星璃——宇宙最后“园丁”，其种族二十万年前因母种灭绝。两人深入量子漩涡，揭露母种源自恐龙基因实验，由操控者“逆熵者”驱使收割时空。决战中，星璃以恐龙声波共振引爆母种网络，牺牲自身重启……

银河系与天女座星系即将发生碰撞，人类文明面临毁灭。中国天体物理学家华星参与了阻止星系碰撞行动。在恋人芮贝卡前往天女系探测失联、导师詹德组织拯救行动被外星飞船击杀、地球星际舰队出师银心全军覆没的情况下，华星不畏死亡威协，按照使者指引，历经艰险……

由于气候剧变，火星人被迫栖身于地下定居点之中。为了拯救火星文明，火星人培育出三名混种人以便送到地球。但混种人身体存有缺陷，送往地球的计划搁置。一次行动中，混种人找到一艘星际飞船，他们擅自决定飞往地球。在地球基地火星人帮助下，他们逃过被处决的……